Quando os criminosos de Gotham são atacados por misteriosas tartarugas de tamanho humano, Batman e seus aliados, Batgirl e Robin, tentam encontrar as criaturas e detê-las. Eles logo descobrem que Gotham tem alguns novos visitantes, as Tartarugas Mutantes, que deixaram sua própria casa para encontrar seu inimigo, o Destruidor, em uma tentativa de tentar impedir seu mais recente plano nefasto. Enquanto isso, Destruidor, Ra's Al Ghul e A Liga dos Assassinos libertaram os criminosos mais mortais de Gotham de suas celas, incluindo Sr. Gelo, Bane, Espantalho, Duas-Caras, Hera Venenosa e Coringa. Batman e As Tartarugas Ninja podem resolver suas diferenças antes que seja tarde demais?